統計分析のための R 言語環境構築（docker, RStudio Server）

この記事は個人ブログと同じ内容です

www.ritolab.com

R 言語を使った統計分析を行うための実行環境を docker で RStudio Server のコンテナを作成し構築します。

R 言語

R はオープンソースの統計解析向けプログラミング言語及びその開発実行環境です。

https://www.r-project.org/

RStudio

RStudio は、R と Python のための統合開発環境（IDE）です。

コンソール、コードの直接実行をサポートする構文強調エディタ、チャートの描画、コマンドの履歴一覧、デバッグ、ワークスペース管理のためのツールが含まれています。

https://posit.co/download/rstudio-desktop/

RStudio には、デスクトップで動作する RStudio と、サーバー上で動作させる RStudio Server があります。

今回は docker で RStudio Server のコンテナを作成し、ブラウザ上からアクセス・操作できるようにします。（Jupyter Notebook のようなイメージ）

環境

PC は Mac です。Docker Desktop for Mac がインストール済みの前提です。

環境構築

The Rocker Project というものがあり、そこで R および RStudio の Docker イメージが提供されているのでこれを使用します。

1. Dockerfile 作成

まずは Dockerfile を作成します。

FROM rocker/rstudio:latest

ENV LANG ja_JP.UTF-8
ENV LC_ALL ja_JP.UTF-8
RUN sed -i '$d' /etc/locale.gen \
  && echo "ja_JP.UTF-8 UTF-8" >> /etc/locale.gen \
    && locale-gen ja_JP.UTF-8 \
    && /usr/sbin/update-locale LANG=ja_JP.UTF-8 LANGUAGE="ja_JP:ja"
RUN /bin/bash -c "source /etc/default/locale"
RUN ln -sf  /usr/share/zoneinfo/Asia/Tokyo /etc/localtime

RUN apt-get update && apt-get install -y \
  fonts-ipaexfont \
  fonts-noto-cjk

rocker/rstudio のイメージを使用し、日本語対応をしています。

日本語対応せずに配布されているイメージをそのまま使うだけだと、チャートをプロットした際にチャートのタイトルや軸のタイトルに日本語が文字化けして使えない（R 界隈ではトーフになるというらしい）ため、日本語の locale を追加し切り替え、日本語の font をインストールしています。

ちなみに rocker は Ubuntu（つまり debian ベース）です。

README.md - rocker-org/rocker-versioned2

# cat /etc/os-release
PRETTY_NAME="Ubuntu 22.04.2 LTS"
NAME="Ubuntu"
VERSION_ID="22.04"
VERSION="22.04.2 LTS (Jammy Jellyfish)"
VERSION_CODENAME=jammy
ID=ubuntu
ID_LIKE=debian
HOME_URL="https://www.ubuntu.com/"
SUPPORT_URL="https://help.ubuntu.com/"
BUG_REPORT_URL="https://bugs.launchpad.net/ubuntu/"
PRIVACY_POLICY_URL="https://www.ubuntu.com/legal/terms-and-policies/privacy-policy"
UBUNTU_CODENAME=jammy

日本語対応前

日本語対応後

2. docker-compose.yml 作成

次に docker-compose.yml を作成します。

version: '3'

services:
  rstudio:
    build:
      dockerfile: Dockerfile
    container_name: rstudio
    ports:
      - 8787:8787
    environment:
      PASSWORD: password
      TZ: Asia/Tokyo
    volumes:
      - ./R:/home/rstudio